Френологические теории оказали следующее влияние на современную психологию:

• Помогли установить связи между психологией и неврологией. 24 На этой теории построены многие современные исследования сознания. 4
• Заставили учёных глубже разобраться в функциях мозга. 4 Так удалось выяснить, что разные зоны органа действительно имеют собственную специализацию: повреждение одной области может лишить человека способности внятно говорить, другой — ухудшит координацию движений и так далее. 4
• Подтолкнули учёных к идее о том, что преступное поведение может быть вызвано особенностями строения мозга. 4 И что преступников можно не уничтожать или изолировать, а успешно лечить. 4
• Стали основой для деления сознания на несколько специализированных подсистем, отвечающих за разные функции. 2 Аналогичный подход используется в современной когнитивной психологии. 2

При этом современная нейронаука признаёт, что на формирование личности влияет множество факторов, включая генетику, эпигенетику, опыт и социальное окружение. 1