Не существует однозначного способа сказать «ну, наверное» более вежливо, так как слово «наверное» может употребляться в разных значениях и ролях в предложении: 2

• Вводное слово. 2 Как правило, не имеет самостоятельной роли в предложении и к нему нельзя задать вопрос. 2 В таком случае «наверное» выделяется запятыми. 2
• Самостоятельное наречие и полноценный член предложения. 2 Смысл противоположен: можно заменить синонимом «точно», «видимо», «наверняка», «несомненно», «разумеется». 2

Чтобы уточнить, какую роль «наверное» играет в конкретном предложении, можно выбрать один из вариантов и довести его до собеседника, но уже в виде утверждения. 1 Например: «Ты придешь ко мне завтра в гости? — Наверное. Значит, я буду ждать тебя в 18». 1