Да, удержание заказчиком убытков по договору из суммы оплаты по договору законно, если это предусмотрено условиями договора. 13

Например, Президиум Высшего Арбитражного Суда РФ в своём Постановлении от 19 июня 2012 года №1394/12 указал, что если стороны по обоюдному согласию избрали удержание суммы неустойки в случае просрочки выполнения работ при окончательных расчётах по договору, то это считается допустимым и не противоречит требованиям гражданского законодательства. 1

При этом в договоре должны быть максимально ясные положения в отношении этого права. 3 Когда и в какой форме предупреждать контрагента об удержании, стороны обычно фиксируют в договоре. 3

Если есть сомнения в законности удержания, рекомендуется обратиться к юристу.