Полномочия транспортной прокуратуры включают:

• Надзор за исполнением законов на железнодорожном, водном (речном и морском), воздушном транспорте, а также за деятельностью правоохранительных органов на транспорте и в таможенной сфере. 1
• Соблюдение прав и свобод человека и гражданина всеми предприятиями, организациями и учреждениями транспорта независимо от форм собственности. 1
• Привлечение виновных лиц к ответственности за правонарушения и преступления, совершённые должностными лицами транспортных организаций. 1
• Проведение проверок соблюдения федерального законодательства таможенными органами. 1
• Рассмотрение обращений, содержащих сведения о нарушении законов в сфере деятельности железнодорожного, воздушного и водного транспорта, экспериментальной авиации, в таможенной сфере, а также жалоб на решения и действия подчинённых прокуроров. 3
• Участие в пределах компетенции в рассмотрении судами уголовных, гражданских, административных дел и дел, подведомственных арбитражному суду. 3