Основные полномочия руководителя следственного органа перечислены в статье 39 Уголовно-процессуального кодекса Российской Федерации. 25 Некоторые из них:

• Поручать производство предварительного следствия следователю либо нескольким следователям, изымать уголовное дело у следователя и передавать его другому следователю с обязательным указанием оснований такой передачи, создавать следственную группу, изменять её состав либо принимать уголовное дело к своему производству. 12
• Проверять материалы проверки сообщения о преступлении или материалы уголовного дела, отменять незаконные или необоснованные постановления следователя. 12
• Давать следователю указания о направлении расследования, производстве отдельных следственных действий, привлечении лица в качестве обвиняемого, об избрании в отношении подозреваемого, обвиняемого меры пресечения, о квалификации преступления и об объёме обвинения, лично рассматривать сообщения о преступлении, участвовать в проверке сообщения о преступлении. 12
• Давать согласие следователю на возбуждение перед судом ходатайства об избрании, о продлении, об отмене или изменении меры пресечения либо о производстве иного процессуального действия, которое допускается на основании судебного решения. 12
• Разрешать отводы, заявленные следователю, а также его самоотводы. 12
• Отстранять следователя от дальнейшего производства расследования, если им допущено нарушение требований Уголовно-процессуального кодекса. 45
• Продлевать срок предварительного расследования. 25
• Утверждать постановление следователя о прекращении производства по уголовному делу. 25
• Возвращать уголовное дело следователю со своими указаниями о производстве дополнительного расследования. 12
• Осуществлять иные полномочия, предусмотренные УПК РФ. 12

Указания руководителя следственного органа по уголовному делу даются в письменном виде и обязательны для исполнения следователем. 12