Значимость Водного кодекса России для охраны водных ресурсов заключается в том, что он устанавливает приоритет охраны водных объектов перед их использованием. 14 Использование водных объектов не должно оказывать негативное воздействие на окружающую среду. 1

Также кодекс предусматривает сохранение особо охраняемых водных объектов, ограничение или запрет использования которых устанавливается федеральными законами. 1

Ещё одна особенность кодекса —  целевое использование водных объектов. 14 Водные объекты могут использоваться для одной или нескольких целей, при этом предоставление их в пользование для иных целей допускается только при наличии достаточных водных ресурсов. 14

Кроме того, кодекс обеспечивает участие граждан и общественных объединений в решении вопросов, касающихся прав на водные объекты, а также их обязанностей по охране водных объектов. 14