Функциональная самостоятельность федеральных органов исполнительной власти заключается в их дифференциации по функциональному принципу: 1

1. Федеральные министерства выполняют функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в установленной актами Президента и Правительства РФ сфере деятельности. 12
2. Федеральные службы осуществляют функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, а также специальные функции в области обороны, государственной безопасности, защиты и охраны государственной границы РФ, борьбы с преступностью, общественной безопасности. 13
3. Федеральные агентства осуществляют в установленной сфере деятельности функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом и правоприменительные функции, за исключением функций по контролю и надзору. 12

Таким образом, каждый из этих видов органов выполняет определённые функции в рамках своей компетенции, что обеспечивает их функциональную самостоятельность в соответствующих сферах деятельности.