В чем разница между составными и несоставными названиями государственных учреждений?

Возможно, имелись в виду различия в написании первого слова в названиях государственных учреждений, которые состоят из нескольких слов (составные) и из одного слова (несоставные). 1

Составные названия пишутся так: с прописной буквы — первое слово и входящие в состав наименования имена собственные. 25 Например: Законодательное собрание Ростовской области (первые два слова — составная часть официального названия). 1

Несоставные названия пишутся так: первое слово — со строчной буквы. 1 К таким названиям относятся, например: администрация города Евпатории (первое слово — несоставная часть официального названия). 1

Ещё одно правило: в форме множественного числа названия органов власти, учреждений и т. п. пишутся со строчной буквы. 3 Пример: министерства России и Украины, комитеты Государственной думы. 3