Разница между протоколом разногласий и дополнительным соглашением к контракту заключается в целях составления и этапе, на котором происходит оформление документов. 13

Протокол разногласий составляется, когда одна из сторон не согласна с рядом условий, которые содержатся в договоре. 1 В протоколе указывают перечень пунктов, против которых возражает сторона, а также обе формулировки — старую, указанную в договоре, и новую, предлагаемую инициатором составления протокола. 1 Протокол разногласий составляется на этапе заключения, а не исполнения договора. 3

Дополнительное соглашение составляется к уже заключённому договору. 12 Его цель — внесение изменений в условия сотрудничества. 1 Это может быть продление сроков, расширение перечня работ или услуг, новые расценки и т. д.. 1 Дополнительное соглашение оформляется на этапе исполнения договора. 3

Таким образом, протокол разногласий направлен на урегулирование разногласий, возникающих при заключении договора, а дополнительное соглашение — на изменение условий уже действующего договора.