В чем разница между перечнем и реестром документов?

Возможно, имелись в виду различия между понятиями «список» и «реестр».

Список — это перечисление (как правило, письменное) каких-либо объектов. www.bolshoyvopros.ru Например: список документов, список фамилий, список покупок, список дел. www.bolshoyvopros.ru

Реестр — это письменный перечень, свод, список. www.bolshoyvopros.ru Также реестр может означать книгу для записи дел, документов, имущества и т. п.. gramota.ru

Таким образом, разница в том, что «список» — более общее понятие, а «реестр» имеет более конкретное значение.