Разница между комплексной и отраслевой системами экологического права заключается в предмете регулирования: 
  - Комплексная система охватывает охрану и использование окружающей среды в целом.                                                                          spravochnick.ru                                                                                               studizba.com                       К комплексным экологическим отношениям относят охрану природных территорий, комплексов, природно-заповедного фонда, лечебно-оздоровительных, рекреационных, санитарных и иных зон.                                                                          intuit.ru                       
  - Отраслевая система направлена на правовое регулирование охраны и использования отдельных природных объектов (земли, недр, вод, лесов, атмосферного воздуха, растительного и животного мира).                                                                          studizba.com                       
  
 Таким образом, комплексная система охватывает более широкий круг экологических отношений, в то время как отраслевая фокусируется на регулировании конкретных природных ресурсов и объектов.