Разница между генеральными прокурорами и заместителями генерального прокурора в разных федеральных округах заключается в их полномочиях и ответственности:

1. Генеральный прокурор Российской Федерации руководит системой прокуратуры, устанавливает штаты и структуру Генеральной прокуратуры, определяет полномочия структурных подразделений, устанавливает штатную численность и структуру подчинённых органов и учреждений прокуратуры 467.
2. Заместители генерального прокурора в федеральных округах курируют вопросы управления в своём округе, осуществляют надзор за исполнением законов территориальными органами и подразделениями федеральных органов исполнительной власти окружного уровня, уполномоченными проводить оперативно-розыскную деятельность, дознание и предварительное следствие. 1

Таким образом, генеральный прокурор отвечает за общее руководство системой прокуратуры, а заместители в федеральных округах занимаются конкретными вопросами надзора и управления в своём округе.