Да, можно быть прописанным в муниципальной квартире, имея квартиру в собственности. 1
Гражданин, зарегистрированный по месту жительства в муниципальной квартире, не утрачивает право пользования муниципальным жилым помещением, даже если приобретает другое жилое помещение в собственность. 2