Основные отличия в подследственности уголовных дел между различными органами власти:

1. Предметная подследственность. 26 Определяет подследственность в зависимости от квалификации совершённого преступления. 6 Например, следователи прокуратуры расследуют уголовные дела о наиболее тяжких преступлениях, а следователи органов внутренних дел — подавляющее большинство преступлений против здоровья граждан, собственности, налоговые, против общественной безопасности и другие. 6
2. Территориальная подследственность. 25 Позволяет разграничить подследственность между одноимёнными органами дознания и предварительного следствия в пределах обслуживаемой ими территории. 6 Предварительное расследование производится по месту совершения преступления, либо по месту окончания преступления, либо по месту совершения большинства преступлений, либо по месту совершения наиболее тяжкого из преступлений, либо по месту нахождения обвиняемого, большинства свидетелей. 2
3. Персональная подследственность. 26 Определяет подследственность в зависимости от особенностей субъекта преступления, состояния его здоровья, служебного положения. 6 Например, к подследственности следователей прокуратуры относятся все дела о преступлениях, совершённых членами Совета Федерации, депутатами Государственной Думы и другими лицами. 6
4. Альтернативная подследственность. 26 Допускает производство предварительного расследования по делам одной и той же категории следователями различных ведомств. 6 Например, дела об организации незаконного вооружённого формирования или участия в нём подследственны следователям прокуратуры, ФСБ и органов внутренних дел, а о контрабанде и терроризме — следователям ФСБ и МВД России. 6

Если одним лицом или группой лиц совершено несколько преступлений, которые подследственны разным органам, подследственность определяется прокурором. 6 Как правило, дело в этом случае передаётся тому следователю, к подследственности которого относится наиболее тяжкое из совершённых преступлений. 6