Московская городская военная прокуратура, как часть системы военной прокуратуры РФ, выполняет различные задачи, среди которых:

• Надзор за исполнением законов в Вооружённых силах РФ, в других войсках и воинских формированиях. 2
• Защита прав и свобод военнослужащих Вооружённых сил РФ, ветеранов, членов их семей. 2
• Надзор за реализацией органами военного управления прав и свобод человека и гражданина. 2
• Надзор за законностью действий органов, ведущих в Вооружённых силах оперативно-розыскную деятельность, осуществляющих дознание и предварительное следствие. 2
• Надзор за законностью работы федеральных органов безопасности. 2
• Участие в судебном рассмотрении дел. 2

Также в число полномочий военной прокуратуры входят, например:

• участие в заседаниях коллегий, военных советов, служебных совещаниях органов военного управления; 24
• назначение ведомственных ревизий и проверок в воинских частях и учреждениях; 4
• проверка законности содержания осуждённых, арестованных, задержанных военнослужащих, освобождение незаконно содержащихся там лиц; 24
• требование обеспечения охраны, содержания и конвоирования лиц в местах содержания задержанных и заключённых под стражу. 2