Некоторые специальные учреждения, которые находятся в структуре ФСИН России:

• Главный центр инженерно-технического обеспечения и связи. 24
• Центр государственного имущества и жилищно-бытового обеспечения. 24
• Центр обеспечения учебно-воспитательной работы. 4
• Управление по обеспечению деятельности оперативных подразделений. 4
• Управление автотранспорта. 24
• Центральная база материально-технического и военного снабжения. 24
• Объединённая редакция ФСИН России. 25 Редакция занимается изданием журналов «Преступление и наказание» и «Ведомости уголовно-исполнительной системы», газеты «Казённый дом», а также различной служебной и справочно-нормативной литературы ФСИН. 5
• Главный клинический центр медицинской и социальной реабилитации. 24
• Главный центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора. 4
• Санатории (например, «Аксаково», имени С. М. Кирова, «Тройка», «Волна»). 4