Некоторые проблемы, которые возникают при применении принципа исчерпания прав в сфере программного обеспечения:

• Сложности с применением в цифровой сфере. 15 Создание новых копий — неотъемлемая часть использования и передачи цифровых произведений, что затрудняет применение доктрины исчерпания. 1 Также сложно обеспечить добросовестное поведение участников оборота относительно правил о распространении произведения. 5
• Ограничения, связанные с распространением программ для ЭВМ. 1 Действующие законы, например в России, ограничивают распространение компьютерных программ первым распространением по договорам о полном отчуждении материального носителя. 1 Это препятствует свободному распространению программ, затрудняя доступ к ним потребителей. 1
• Неясность в отношении того, является ли любая модификация программы самостоятельным произведением. 4 Например, если автор разместил проект на Github, где любое лицо вправе создать на основе копии исходного кода, новую версию программы. 4 Если автор проекта одобряет предлагаемые изменения, они вносятся в оригинальный код. 4
• Возможность злоупотребления правом со стороны правообладателя. 5 Например, блокирование параллельного импорта и недопущение на рынок параллельных импортеров, что сказывается на состоянии конкуренции на рынке. 5
• Проблемы с применением к открытому программному обеспечению. 4 Экземпляры открытого ПО должны распространяться на условиях открытой лицензии даже после правомерного введения в оборот. 4 Это указывает на то, что принцип исчерпания прав фактически не действует в отношении open source, как и большинства компьютерных программ. 4