Руководитель следственного органа имеет следующие полномочия, согласно статье 39 Уголовно-процессуального кодекса РФ: 24

• поручать производство предварительного следствия следователю либо нескольким следователям; 2
• изымать уголовное дело у следователя и передавать его другому следователю с обязательным указанием оснований такой передачи; 2
• создавать следственную группу, изменять её состав либо принимать уголовное дело к своему производству; 2
• проверять материалы проверки сообщения о преступлении или материалы уголовного дела; 2
• отменять незаконные или необоснованные постановления следователя; 2
• давать следователю указания о направлении расследования, производстве отдельных следственных действий, привлечении лица в качестве обвиняемого, о квалификации преступления и об объёме обвинения; 2
• давать согласие следователю на возбуждение перед судом ходатайства об избрании, о продлении, об отмене или изменении меры пресечения либо о производстве иного процессуального действия; 2
• разрешать отводы, заявленные следователю, а также его самоотводы; 2
• возвращать уголовное дело следователю со своими указаниями о производстве дополнительного расследования; 2
• продлевать срок предварительного расследования; 2
• утверждать постановление следователя о прекращении производства по уголовному делу. 2

При осуществлении своей деятельности руководитель следственного органа также обладает полномочиями следователя и руководителя следственной группы. 1