Некоторые основные проблемы, которые возникают при регулировании судоходства по международным рекам:

• Суверенитет прибрежных государств. 1 Каждое из них распространяет свою верховную власть на ту часть международной реки, которая протекает по территории этого государства. 1
• Различия в правовых режимах судоходства на разных реках. 1 Например, на Рейне и Дунае применяются разные правила плавания, технические предписания, установлены различные способы выдачи судовых документов. 1
• Конкуренция водопользователей. 3 При дефиците и неравномерности распределения речного стока это создаёт водохозяйственные и гидроэкологические проблемы, требующие межгосударственного регулирования. 3
• Экологические проблемы. 45 Интенсивная эксплуатация водных ресурсов негативно влияет на экологическую обстановку на международных водных объектах: обостряется проблема нехватки питьевой воды, водотоки подвергаются загрязнению бытовыми и промышленными стоками. 45