Некоторые проблемы, которые существуют в практике применения института оговорок в международном праве:

• Отсутствие объективной процедуры установления допустимости оговорки. 2 Одно государство может считать, что сделанная им оговорка соответствует объекту и цели договора и поэтому правомерна, в то время как остальные государства могут быть с этим не согласны и считать такую оговорку недопустимой. 2
• Сложности, возникающие, если одно или несколько государств заявят возражения против оговорки, а другие государства не выразят своё отношение. 2
• Отсутствие критериев приемлемости оговорок к договорам по правам человека. 4 Любые изъятия или ограничения в применении положений, касающихся защиты и уважения прав человека, должны быть строго определены, иначе теряется смысл универсальности концепции прав человека. 4
• Неопределённость вопроса о том, кто, как и куда заявляет о недействительности оговорки, сделанной тем или иным государством. 4
• Ситуация, когда оговорка ограничивает или перечёркивает положение, заложенное в самой статье акта, и конкретное право невозможно реализовать. 5 При этом сложно доказать недействительность такой оговорки и добиться защиты своих прав даже на наднациональном уровне. 4
• Неоднородность порядка применения оговорок. 5 Каждое государство-участник международного договора само решает, какие положения акта оно признаёт обязательными для себя, с чем соглашается и на каких условиях ратифицирует данный международный акт. 5