Основные функции апелляционного военного суда в системе военных судов:

• проверка законности и обоснованности решений нижестоящих военных судов; 1
• пересмотр приговоров и других судебных актов в случае обнаружения нарушений; 1
• обеспечение единообразия судебной практики в военных судах; 1
• защита прав и законных интересов военнослужащих, а также других лиц, к ним приравненных. 1

Кроме того, апелляционный военный суд может обращаться в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о конституционности закона, подлежащего применению в конкретном деле. 23

Также в рамках своей компетенции суд рассматривает дела по жалобам и представлениям на судебные акты окружных (флотских) военных судов, принятые ими в качестве суда первой инстанции и не вступившие в законную силу, а также дела по новым или вновь открывшимся обстоятельствам. 12