Система работы Девятого арбитражного апелляционного суда включает следующие элементы:

1. Президиум суда во главе с председателем суда. 1 Он организует деятельность по отправлению правосудия: распределяет судей по судебным коллегиям, утверждает председателей судебных составов. 1 На расширенном заседании Президиума заслушивается отчёт о работе суда, заместители председателя суда ежеквартально отчитываются о работе коллегий. 1
2. Коллегия по рассмотрению споров, возникающих из гражданских и иных правоотношений. 1 Её возглавляет заместитель председателя суда, в коллегию входят 1–5-й судебные составы. 1 Каждый состав специализируется на рассмотрении отдельных категорий дел. 1
3. Судебная коллегия по рассмотрению споров, возникающих из административных правоотношений. 3 Её возглавляют заместитель председателя суда и судебные составы VI, VII и VIII. 3

Полномочия суда:

• проверка в апелляционной инстанции законности и обоснованности судебных актов, не вступивших в законную силу, по делам, рассмотренным арбитражными судами субъектов Российской Федерации в первой инстанции, повторно рассматривая дело; 3
• пересмотр по вновь открывшимся обстоятельствам принятых им и вступивших в законную силу судебных актов; 3
• обращение в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, применённого или подлежащего применению в деле, рассматриваемом судом в апелляционной инстанции; 3
• изучение и обобщение судебной практики; 3
• подготовка предложений по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов; 3
• анализ судебной статистики. 3

Режим работы суда: с понедельника по четверг: с 9:00 до 18:00 (13:00–13:45 — перерыв), в пятницу: с 9:00 до 16:45 (13:00–13:45 — перерыв). 4 В предпраздничные дни продолжительность рабочего дня уменьшается на 1 час: с понедельника по четверг — с 9:30 до 17:00 (13:00–13:45 — перерыв), в пятницу — с 9:30 до 16:00 (13:00–13:45 — перерыв). 4