Организационная структура Следственного комитета Российской Федерации включает в себя: 2

1. Центральный аппарат. 2 Включает в себя Главное следственное управление, Главное управление криминалистики, управление процессуального контроля, управление по приёму и рассмотрению обращений граждан и документационному обеспечению, управление воспитательной работы, управления материально-технического и финансово-экономического обеспечения деятельности Следственного комитета. 2
2. Главные следственные управления и следственные управления по субъектам Российской Федерации (в том числе их подразделения по административным округам) и приравненные к ним специализированные (в том числе военные) следственные управления и следственные отделы Следственного комитета. 23
3. Следственные отделы и следственные отделения по районам, городам и приравненные к ним, включая специализированные (в том числе военные) следственные подразделения Следственного комитета. 23
4. Криминалистические подразделения Следственного комитета (главное управление, управления и отделы по федеральным округам, управления и отделы по субъектам Российской Федерации). 23

Во главе системы Следственного комитета стоит Председатель Следственного комитета, который назначается на должность и освобождается от должности Президентом Российской Федерации. 2

Также в системе Следственного комитета в соответствии с законодательством Российской Федерации могут создаваться судебно-экспертное учреждение, научные и образовательные организации, а также иные организации, необходимые для обеспечения его деятельности. 2