Согласно статьям УПК РФ, регламентирующим полномочия руководителя следственного органа, существует трехуровневая система руководителей следственных подразделений: 2

1. Местный уровень (районы, города). 2
2. Региональный уровень (субъекты федерации). 2
3. Федеральный уровень (главы соответствующих комитетов, управлений, департаментов). 2

Некоторые полномочия, которые могут входить в сферу ответственности руководителей разных уровней:

• процессуальное руководство деятельностью следователей; 2
• контроль за расследованием уголовных дел; 2
• процессуально-организационное руководство деятельностью следственного подразделения; 2
• дача согласия на производство процессуальных действий («разрешительные» полномочия); 2
• полномочия надзорного характера; 2
• личное осуществление уголовного преследования (персональное производство предварительного следствия по уголовным делам); 2
• организация работы следственного подразделения. 2

Согласно статье 39 УПК РФ, некоторые полномочия руководителя следственного органа: поручать производство предварительного следствия, проверять материалы проверки сообщения о преступлении или материалы уголовного дела, давать следователю указания и другие. 3

При этом нижестоящие руководители следственных органов (подразделений) подчинены вышестоящим и Председателю Следственного комитета Российской Федерации. 15