Принцип единства системы таможенных органов влияет на их деятельность следующим образом:

• Отражает функциональную общность и иерархическую подчинённость. 1 В своей деятельности таможенные органы дополняют друг друга, осуществляя полномочия в строго определённой области — в сфере перемещения товаров через таможенную границу. 1
• Обеспечивает взаимосвязь входящих в систему органов при осуществлении поставленных перед ними задач и функций. 1 Каждое звено системы имеет различные объём и характер компетенции, обусловленные масштабами деятельности. 1
• Позволяет осуществлять деятельность непрерывно, так как централизованная система таможенных органов позволяет координировать их действия и обеспечивать непрерывность процесса. 3
• Способствует достижению единой цели — соблюдению действующего законодательства в сфере таможенного дела, а также пресечению совершения правонарушений и привлечению к ответственности за совершённые правонарушения. 3