Отдел административных расследований в таможне занимается возбуждением дел об административных правонарушениях, которые относятся к компетенции таможенных органов, и проведением по ним административного расследования. 13

Некоторые функции отдела:

• Рассмотрение материалов, поступивших из правоохранительных и других государственных органов, органов местного самоуправления и общественных объединений, сообщений и заявлений физических и юридических лиц, а также сообщений в СМИ, содержащих данные, указывающие на наличие события административного правонарушения. 15
• Возбуждение дел об административных правонарушениях в случае обнаружения достаточных данных, указывающих на наличие события административного правонарушения. 15
• Проведение административного расследования по делам об административных правонарушениях, возбуждённым должностными лицами других подразделений таможни. 5
• Взаимодействие с правоохранительными и иными государственными органами по вопросам выявления, предупреждения, пресечения административных правонарушений и осуществления административного производства. 12
• Информирование правоохранительных органов о фактах правонарушений, относящихся к их компетенции и выявленных в ходе административного производства. 2
• Участие в разработке системы мер по предупреждению административных правонарушений. 12
• Участие совместно с правовым подразделением таможни в защите интересов таможенных органов в судах общей юрисдикции и арбитражных судах при рассмотрении споров по делам, возникающим из административных правоотношений, административное производство по которым осуществлял отдел. 2
• Подготовка и представление руководству таможни аналитических отчётов о результатах работы отдела и предложений о её совершенствовании. 12