Казенные учреждения в системе государственных органов осуществляют оказание государственных (муниципальных) услуг, выполнение работ и (или) исполнение государственных (муниципальных) функций. 18 Финансовое обеспечение их деятельности осуществляется за счёт средств соответствующего бюджета на основании бюджетной сметы. 18 Казенное учреждение может осуществлять приносящую доходы деятельность, только если такое право предусмотрено в его учредительных документах. 48 При этом доходы, полученные от указанной деятельности, поступают в соответствующий бюджет бюджетной системы Российской Федерации. 48

Автономные учреждения — это некоммерческие организации, созданные Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, средств массовой информации, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах в случаях, установленных федеральными законами 257. Автономные учреждения являются юридическими лицами и от своего имени могут приобретать и осуществлять имущественные и личные неимущественные права, нести обязанности, быть истцом и ответчиком в суде. 57

Таким образом, основное отличие заключается в том, что казенные учреждения занимаются выполнением государственных (муниципальных) функций и оказанием услуг, а автономные — исключительно оказанием услуг и выполнением работ в определённых сферах. 34