Возможно, имелись в виду различия между государственными и федеральными учреждениями по уровню управления. 3
Государственные учреждения могут быть региональными и муниципальными. 3 Региональные учреждения организуются органами власти субъектов федерации, а муниципальные — на уровне местного самоуправления для решения локальных задач. 3
Федеральные учреждения создаются и управляются центральными органами государственной власти. 3 Их учредителем является Российская Федерация, в частности государственные органы власти РФ. 4
Ещё одно возможное отличие — в имуществе: федеральные учреждения наделяются федеральным имуществом, а обычные государственные — имуществом того региона, где оно расположено. 2
Таким образом, основное отличие заключается в уровне управления и в том, кому такие учреждения подчиняются: федеральным органам или органам конкретного региона.