Структура Генеральной прокуратуры и прокуратур субъектов РФ имеет некоторые отличия.

Генеральная прокуратура состоит из главных управлений, управлений и отделов по направлениям деятельности. 9 Кроме того, в её состав входят 8 управлений в федеральных округах, которые курируют заместители Генерального прокурора. 3 Также на правах структурного подразделения в Генеральной прокуратуре есть Главная военная прокуратура. 25

Прокуратуры субъектов РФ организуются в соответствии с административно-территориальным устройством Российской Федерации. 8 Они осуществляют руководство прокуратурами городов и районов, выполняют прокурорские задачи в пределах субъекта. 9 В прокуратурах субъектов образуются управления и отделы (на правах управлений, в составе управлений). 18 Начальники управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений — помощниками прокуроров субъектов РФ. 18