Чем отличается система стадий уголовного процесса от его структуры?

Возможно, имелись в виду понятия «стадии уголовного процесса» и «система уголовного процесса».

Стадии уголовного процесса — это определённые этапы единого процесса, которые регламентированы уголовно-процессуальным законом и действуют, последовательно сменяя друг друга. spravochnick.ru Каждая предыдущая стадия создаёт предпосылки для решения задач в последующей, а каждая последующая проверяет законность и обоснованность процессуального решения, принятого в предыдущей стадии. sdo.academy-skrf.ru

Система уголовного процесса — это совокупность всех стадий судопроизводства, связанных между собой общими целями и принципами. spravochnick.ru

Таким образом, система стадий уголовного процесса — это более широкое понятие, которое включает в себя все этапы процесса, а стадии — это отдельные элементы этой системы.