Основное отличие некоммерческого партнёрства от автономной некоммерческой организации (АНО) заключается в принципах организации и целях деятельности.

Некоммерческое партнёрство создаётся на основе членства физическими и/или юридическими лицами. 1 Цель создания — содействие членам организации в достижении различных культурных, социальных, образовательных, научных и прочих целей. 1 Такие партнёрства существуют за счёт членских взносов и могут осуществлять предпринимательскую деятельность, направленную на достижение поставленных целей, без дальнейшего распределения прибыли между учредителями. 1

Автономная некоммерческая организация учреждается без членства гражданами и/или юридическими лицами. 13 Цель создания — оказание услуг в различных областях: образование, здравоохранение, наука, культура и т. д.. 1 Учредители АНО контролируют её деятельность в соответствии с порядком, закреплённым в учредительных документах. 1 Форму и порядок формирования коллегиального органа управления учредители организаций определяют самостоятельно. 1

Таким образом, некоммерческое партнёрство ориентировано на содействие членам организации, а автономная некоммерческая организация — на оказание услуг.