Компетенция федеральных министерств и полномочия федеральных служб отличаются по своим функциям:

• Федеральные министерства выполняют функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в установленной сфере деятельности. 12 Они также осуществляют координацию и контроль деятельности находящихся в их ведении федеральных служб и федеральных агентств. 27
• Федеральные службы осуществляют функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, а также специальные функции в области обороны, государственной безопасности, защиты и охраны государственной границы Российской Федерации, борьбы с преступностью, общественной безопасности. 18

Таким образом, основное отличие в том, что федеральные министерства занимаются общим управлением и нормативно-правовым регулированием, а федеральные службы — конкретными вопросами контроля и надзора в определённых областях.