Деятельность ФСБ и прокуратуры отличается по своим функциям и задачам:

• Федеральная служба безопасности (ФСБ) занимается обеспечением безопасности Российской Федерации, борьбой с терроризмом, защитой и охраной государственной границы, внутренних морских вод и других объектов 1410. В рамках своей деятельности ФСБ организует контрразведывательную и оперативно-разыскную работу, дознание и предварительное следствие по уголовным делам 147.
• Прокуратура обеспечивает надзор за соблюдением Конституции РФ и исполнением законов, а также за правами и свободами человека и гражданина. 58 Прокуроры надзирают за исполнением законов федеральными органами исполнительной власти, Следственным комитетом РФ, органами государственной власти субъектов РФ и другими организациями. 58 Также они участвуют в рассмотрении дел судами и опротестовывают противоречащие закону решения, приговоры, определения и постановления судов. 25

Таким образом, основное отличие в том, что ФСБ занимается вопросами безопасности и контрразведки, а прокуратура — надзором за законностью и соблюдением прав граждан.