Некоторые отличия автономного учреждения от других форм некоммерческих организаций:

• Цель создания. 3 Автономное учреждение нацелено на оказание услуг, чтобы органы государственной власти в разных сферах (образования, науки, здравоохранения, социальной защиты, культуры и других) могли выполнять свою работу. 3
• Ответственность. 13 Автономное учреждение отвечает по своим долгам своим имуществом, за исключением недвижимости и особо ценного движимого имущества, находящегося в собственности учредителя. 1 Собственник учреждения не несёт никакой ответственности за долги автономного учреждения. 1
• Имущество. 13 Имущество автономного учреждения находится в оперативном управлении. 13 Крупные сделки осуществляются только под надзором наблюдательного совета. 3
• Учредитель. 1 Автономное учреждение может иметь только одного учредителя. 1
• Возможность вносить денежные средства. 1 Автономное учреждение может вносить свои денежные средства в уставной фонд других организаций. 1
• Право собственности. 24 Главная особенность автономной организации — она не предполагает членства. 2 Право собственности принадлежит всему объединению в целом, а не отдельным его участникам. 2