В горах Гиндукуша добывают следующие полезные ископаемые:

• На севере известны месторождения каменного угля. 1
• В хребте Баба находится месторождение Хаджигек с высокосортными железными рудами. 1
• В Нуристане есть месторождения полиметаллических руд и бериллия. 1
• Бадахшан известен залежами золотых руд, лазурита, барита, серы, графита, а также целестина и талька. 1

Кроме того, в пещерах долины реки Кокча добывают лазурит (ляпис-лазурь). 1

Также в горах Гиндукуша есть месторождения высокосортных железных руд (месторождение Хаджигек). 4