Положение нуклеосом на нити ДНК заключается в том, что участки ДНК могут либо входить в нуклеосомные комплексы, либо быть в составе линкерной, межнуклеосомной ДНК. 1

За нуклеосомой идёт свободный от белков участок молекулы ДНК, равный 30–50 парам нуклеотидов (его длина зависит от вида организма). 2 Этот участок называется линкером и соединяет две соседние нуклеосомы. 2

В геноме присутствуют также участки, свободные от нуклеосом (открытый хроматин: сайты связывания транскрипционных факторов, регуляторных белков). 4 Ещё есть участки, где положение нуклеосомы строго фиксировано (например, старт транскрипции многих генов). 4