В каких языках используются надстрочные знаки, подобные тильде?

Возможно, имелись в виду диакритические знаки, в том числе тильда. Некоторые языки, в которых они используются:

• Испанский. en.wikipedia.org moluch.ru Тильда над буквой «n» передаёт долгое и смягчённое звучание этой буквы. moluch.ru
• Французский. en.wikipedia.org Тильда диапазона используется для обозначения диапазонов чисел. en.wikipedia.org

Также тильда применяется в некоторых языках программирования, например C/C++, Java, Python, Verilog, где она означает одноместный префиксный оператор, означающий побитовое отрицание. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru

Кроме того, тильда используется в православной иконописи и церковнославянском языке для сокращения слов. ru.wikipedia.org

Ещё тильда встречается в языке ΤΕΧ, где обычно обозначает неразрывный пробел. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru