Ксенофиофоры обитают в водах Мирового океана, в основном на больших глубинах (от 500 до 10 600 м). 14 Их встречают чаще всего в районах, где наблюдается повышенное поступление органического вещества: в пределах континентального склона, абиссальных равнин и даже на дне океанических желобов, таких как Марианская впадина. 4
Большинство ксенофиофор селятся на поверхности дна, заякориваясь с помощью корневидных разрастаний в нижней части экзоскелета. 4 Но один вид (Occultammina profunda) предпочитает жить в осадке на глубине 1–6 см. 4
Ксенофиофоры плохо изучены по нескольким причинам: