Палочковидные бактерии чаще всего встречаются в следующих средах обитания:

• Почва. 24 Например, представители рода азотобактер живут в слабощелочных и нейтральных почвах, а также встречаются в пресных водоёмах и в солоноватых болотах. 1
• Вода. 24 Палочковидные бактерии могут обитать в пресной и морской воде, в том числе в осадках. 2
• Человеческий организм. 4 Например, молочнокислые бактерии представлены во всём желудочно-кишечном тракте — от рта до прямой кишки. 1

Также палочковидные бактерии могут встречаться на листьях и плодах растений, в молочных продуктах. 1