Запятая перед «только» обязательна в сложноподчинённых предложениях, где «только» выступает в роли усилительной частицы перед подчинительным союзом. 1
Это правило действует независимо от интонации, даже если при чтении паузы перед «только» не делается. 13
Пример: «Я понял, что он был прав, только когда сам столкнулся с этой проблемой». 1 Здесь «только» усиливает союз «когда», и запятая перед ним необходима. 1