Форму «заведующая» следует употреблять вместо «заведующий» в следующих случаях:
В официально-деловом стиле речи, а также в должностных инструкциях используется форма мужского рода — «заведующий». 24 Это правило действует независимо от пола человека, занимающего данную должность. 4
Таким образом, выбор между формами зависит от контекста и стиля речи. В случае сомнений лучше обратиться к справочникам по русскому языку или проконсультироваться с филологом. 4