Матрицу инцидентности следует использовать вместо матрицы смежности в случаях, когда нужно указать связи между разнородными элементами графа (вершинами и рёбрами). 5

Некоторые ситуации, в которых целесообразно применять матрицы инцидентности:

• Число вершин графа невелико, а число рёбер относительно большое. 3
• В алгоритме часто требуется проверять, соединены ли между собой две вершины. 3
• В алгоритме используются фундаментальные понятия теории графов, например, связность графа. 3

Матрица инцидентности подходит для любых графов, даже если в них есть петля. 2

В большинстве случаев рёбер всегда больше, чем вершин, поэтому матрицы смежности имеют меньше столбцов, чем матрицы инцидентности. 4