Запятые могут быть поставлены в сложном предложении, если начало его части совпадает с выражением «вместе с тем» в сочетании с союзами «но», «а», «и». 2 В таком случае «вместе с тем» образует единую смысловую конструкцию с союзом, и действуют общие правила постановки запятых перед этими союзами. 14
Примеры: «Находиться в эпицентре шторма страшно и вместе с тем захватывающе». 1 «Молоко является низкокалорийным, но вместе с тем очень полезным продуктом». 1 «Я отдыхаю на Тенерифе, а вместе с тем заканчиваю книгу о Мальорке». 1
Если «вместе с тем» находится в начале второй части сложного предложения, то запятую нужно ставить только перед ним. 4
Пример: «Нашему щенку нравилось спать в своей новой конуре, вместе с тем он всё время норовил из неё вылезти». 4
Также запятые могут появиться перед «вместе с тем» или после него, если по соседству находится оборот, который, согласно правилам пунктуации, должен быть обособлен. 2
Пример: «Вместе с тем она находила время на любимое занятие, забыв об усталости». 2