Наречие «непонятно» пишется слитно, когда что-то утверждается и когда слово можно заменить синонимом. 15 Например: «Мне непонятно, как себя вести в этой ситуации» (слово можно заменить на «я не знаю», «не имею понятия»). 1

Раздельное написание сочетания «не понятно» используется, когда речь идёт об отрицании: 3

• когда в предложении есть противопоставление с союзом «а»; 13
• когда перед «не понятно» стоят слова «отнюдь», «далеко», «ничуть» (скрытое противопоставление); 3
• когда при слове есть зависимые слова (местоимения или наречия), начинающиеся на «ни-» (нигде, никому, нисколько и т.п.); 3
• в вопросительных предложениях, в которых содержится предположение с использованием частиц «ли» и «бы». 1

Таким образом, проще всего определить правильное написание, посмотрев на контекст: есть ли в предложении противопоставление, различные конструкции, усиливающие отрицание. 2