Эффект Зеебека используется в различных сферах промышленности и науки, например:

• Энергообеспечение космической техники. 5 Устройства, работающие на эффекте Зеебека, обеспечивают преобразование тепловой энергии в электрическую. 5
• Питание газо- и нефтеоборудования. 5
• Бытовые генераторы. 5
• Системы морской навигации. 5
• Отопительные системы. 5
• Эксплуатация отводимого автомобильного тепла. 5
• Преобразователи солнечной энергии. 5
• Преобразователи тепла, вырабатываемого природными источниками (например, геотермальными водами). 25

Также эффект Зеебека применяется в термоциклерах — лабораторных устройствах, используемых для амплификации ДНК методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). 4 Для ПЦР требуется циклический нагрев и охлаждение образцов до заданных температур. 4 Наличие множества термопар в небольшом пространстве позволяет проводить параллельную амплификацию многих образцов. 4