Деревья и связанные с ними графы используются в различных реальных задачах, например:

• Метод дерева решений. 1 Применяется в задачах классификации и прогнозирования, когда решения приходится принимать в условиях риска, неопределённости и исход событий зависит от вероятностей. 1
• Разработка и тестирование компьютерных программ. 1 Для этого используется блок-схема компьютерной программы (вершины — команды, рёбра — переходы между командами). 1
• Проектирование и оптимизация структур данных. 1 Для этого применяется граф структуры данных (вершины — данные или простейшие типы данных, рёбра — отношения между данными). 1
• Оптимизационное компилирование и конвейеризация работы процессора. 1 Для этого используется граф зависимости команд машинного кода (вершины — команды, рёбра — зависимости между командами). 1
• Моделирование работы операционной системы. 1 Для этого применяется граф процессов операционной системы (вершины — процессы операционной системы, рёбра — акты генерирования процессов). 1
• Исследование конечных автоматов и языков, инженерия программного обеспечения. 1 Для этого используется граф конечного автомата (вершины — состояния автомата, рёбра — переходы). 1
• Доказательство математических заключений и анализ математических теорий. 1 Для этого применяется граф утверждений математической теории (вершины — утверждения, рёбра — отношения логического следования). 1
• Развитие транспортной сети. 13 Для этого используется граф дорог (вершины — города, рёбра — дороги). 13
• Анализ и планирование потока городского транспорта. 1 Для этого используется граф улиц (вершины — перекрёстки, рёбра — улицы). 1
• Анализ биосистем. 1 Например, цепь питания (вершины — породы животных, рёбра — отношения питания) или дерево эволюции (вершины — породы или популяции, рёбра — отношения эволюционного происхождения). 1