Алгоритмы нахождения минимального остовного дерева применяются в различных областях, например:

• Разработка сетей. 2 Например, при соединении городов в единую телефонную сеть с минимальной суммарной стоимостью соединений. 2
• Производство печатных плат. 2 По аналогии с сетью, когда нужно соединить контакты проводами с минимальной суммарной стоимостью. 2
• Сегментация изображений. 3 Введя специальное расстояние между сегментами и построив минимальное остовное дерево, можно получить нужное число финальных сегментов при выставлении порога и объединении сегментов с расстоянием ниже порога в один финальный сегмент. 3
• Построение филогенетических (эволюционных) деревьев. 3 Минимальное остовное дерево позволяет разбивать многомерные данные на взаимосвязанные классы, чётко отслеживая близкие по строению и характеристикам группы. 2
• Оптимальное размещение объектов. 3 Например, в задаче оптимального размещения объектов, когда нужно решить, какие именно объекты нужно разместить, чтобы минимизировать общую стоимость. 5