Саузерн-блоттинг применяется в различных областях молекулярной биологии, среди них:

• Определение количества последовательностей (например, копий генов) в геноме. 1
• Изучение хромосомной или генной перестройки. 1
• Поиск аналогичных последовательностей у других видов или в геноме. 1
• Выявление изменений в генах, включая вставки, перестройки, делеции и точечные мутации. 1
• Идентификация метилированных сайтов в определённых генах. 1
• Диагностика заболеваний, в том числе вирусных инфекций и некоторых бактериальных болезней. 3
• Анализ структуры гена или оценка карт рестрикционных ферментов. 23
• Исследование клональных перестроек иммуноглобулинов и генов рецепторов Т-клеток, которые играют важную роль в иммунном ответе. 23
• Идентификация личности с помощью дактилоскопии. 1

Также Саузерн-блоттинг используется в криминалистике, для анализа отцовства и материнства, в эволюционных исследованиях. 3