Помимо геологии и археологии, магнитометры применяются в следующих областях:

• Системы навигации. 1 Магнитометры используются в судостроении, авиационной и космической отраслях, а также в производстве беспилотных летательных аппаратов (БПЛА). 1
• Военная разведка. 4 Магнитометры используются для обнаружения погружённых подводных лодок. 45
• Биология и медицина. 4
• Сейсмология. 4 Магнитометры помогают в предсказании землетрясений. 45
• Научные эксперименты. 4
• Магнитобиология. 24
• Контроль качества. 2 Например, феррозондовый магнитометр используется для измерения остаточного магнитного поля ферромагнитных изделий. 2
• Металлоискатели. 3 Магнитометры могут обнаруживать только магнитные (чёрные) металлы, но на гораздо большем расстоянии, чем обычные металлоискатели. 3