Сканирующая электронная микроскопия (СЭМ) широко применяется в следующих областях науки и техники:

• Биология и медицина. 1 СЭМ используют в криобиологии, электронной и клеточной томографии, вирусологии, стекловании. 1 С её помощью определяют локализацию белков, анализируют частички, выполняют фармацевтический контроль качества, получают трёхмерные изображения тканей. 1
• Промышленность. 1 СЭМ позволяет снимать плоские и трёхмерные микрохарактеристики, параметры частиц, проводить динамические эксперименты с материалами. 1 Приборы применяют в химической, нефтехимической горнодобывающей отрасли, микротехнологии, судебной медицине и других областях. 1
• Материаловедение. 34 СЭМ используют для изучения морфологии, состояния поверхности раздела, механизма повреждения и прогнозирования характеристик материалов. 3 Также с её помощью изучают дефекты кристаллов и процесс их производства. 3
• Полупроводники и хранение данных. 1 СЭМ применяют для анализа дефектов, трёхмерной метрологии, определения неисправностей, редактирования рабочих схем. 1